【本日の化学略語】MM

化学略語の検索サイト→Nanoniele

MM: molecular mechanics
(http://www.nanoniele.jp/cgi-bin/nanoniele.cgi?inputsite=weblog&keyword=MM)

M1の時、新しく着任した助手さんが、Chem3Dで扱っているのを見て、MMの存在を知りました。

分子の立体構造を知るためには、研究室では、分子模型でモデルを組み立てていました。長い間使われていたためか、パーツがかなりなくなっていて、単結合のスティックが少なく、モデルを組み立てられないということがよくありました。買いたいと思い、カタログで価格を調べると…高い。

Chem3Dでモデルをラフに描き、構造最適化し、マウスでぐろぐりやると、モデルの立体構造がどのようになっているか、簡単にわかるのに驚きました。当時(Windows 95もない時でした)のパソコンのスペックでも十分スムーズに動いていました。まあ、構造の最適化にはかなりの時間がかかりましたが。

その後、MOPACを知り、GaussianやらGAMESSやら知るわけですが、これらは「そういうことができる」ことを知った後に触れたわけで、何の予備知識もなかったChem3Dとの出逢いは、本当に衝撃でした。